Bergoglio es un sacerdote alineado con la derecha argentina (opuesto a los derechos de homosexuales y al derecho al aborto, por ejemplo) y sospechoso de connivencia con la última dictadura militar (1976-1983) padecida por Argentina. Y, como señala Sztulwark, un hábil político, cuidadoso de la imagen que transmite.

El perfil político de Bergoglio, ese de Guardia de Hierro, asomó desde temprano: después del Concilio Vaticano II, y luego de la reunión de todos los obispos de América Latina, en el año 1968, en Medellín, se ratificó la idea de dejar el Estado y los regímenes de seguridad e ir hacia los pobres. Bergoglio no estaba de acuerdo con esta postura.

De ahí esos recientes apoyos a colectivos sociales y esos viajes suyos en autobús a barrios carenciados. «Ahora dice que viaja en subte [metro] y colectivo. En la larga década en que yo lo serví no iba a ningún lado sin el auto, ni siquiera a los barrios que estaban a pocas cuadras, como La Manuelita», señaló en 2010 a la prensa el exjesuita Miguel Ignacio Mom Debussy (hoy de 63 años, hizo los votos el 13 de marzo de 1976 y Bergoglio fue su padrino de ordenación el 3 de diciembre de 1984).

En los viajes entre San Miguel y la Ciudad de Buenos Aires en los que Mom Debussy le hacía de chofer, Bergoglio le habló del proyecto político del jefe de la Armada, Emilio Massera, y le comentó que se había reunido con él varias veces. Mom Debussy añadió que Bergoglio no hablaba con disgusto del miembro de la Junta Militar Emilio Massera: «Le parecía bien que fuera contra Videla».

Estas declaraciones fueron corroboradas por el médico Lorenzo Riquelme, de 60 años y residente en el Estado francés. Varias veces le comentó encuentros con Massera. «Me dijo que quería proteger a los novicios y estudiantes (dos veces aparecieron milicos cuando yo estaba en el noviciado, nos hicieron salir, nos apuntaron. Después no nos acosaron más). Estaba en negociaciones con él porque quería que la Marina comprara el Observatorio de Física Cósmica, lindero al Colegio Máximo». No se llegó a un acuerdo y en diciembre de 1977 lo compró la Fuerza Aérea. Varias personas que trabajaban allí «fueron secuestradas y cuando recuperaron su libertad, fueron despedidas por Bergoglio», dijo Riquelme. «Hay quienes dicen que los protegía, porque les pagó el último sueldo».

Riquelme asegura que el grupo armado que lo secuestro en 1976 salió de la sede principal de la Compañía de Jesús, donde vivía y era principal responsable el superior provincial Jorge Mario Bergoglio (ordenado sacerdote en 1969, fue provincial de los Jesuitas de 1973 a 1979; en este período se inscriben los crímenes de la Triple A y los años de más terrible represión de la dictadura).

Ambas personas señalan que un jesuita español, Martín González, participó directamente en secuestros y otros actos represivos, como el secuestro del propio Riquelme y la presión contra seminaristas de izquierdas y otras personas que frecuentaban el comedor del Observatorio de Física Cósmica de San Miguel, ubicado en el Colegio Máximo. González, con autorización de Bergoglio, era capellán militar de la Escuela de Suboficiales General Lemos, en la guarnición de Campo de Mayo, lugar contiguo al Colegio Máximo.

Tanto Riquelme como Mom Debussy consideran imposible que estos hechos pudieran ocurrir sin aprobación de Bergoglio, quien ejercía un control absoluto sobre todo lo que ocurría en su sede. «Cuando asumió como provincial, en julio de 1973, mudó la curia provincial, que estaba en la calle Bogotá, de Caballito, al Colegio Máximo, para controlar mejor a los novicios y a los profesores».

Citado a declarar en 2010

En noviembre de ese 2010, Bergoglio fue citado a declarar como testigo en la causa que investigaba el secuestro de los jesuitas Yorio y Jalics a los cuales conocía del Colegio Máximo.

Los abogados querellantes abandonaron la audiencia de largas cuatro horas con el cardenal Jorge Bergoglio convencidos de que el ahora jefe de la Iglesia Católica no solo no dijo nada: «Cuando alguien es reticente está mintiendo, está ocultando parte de la verdad», expresó al salir Luis Zamora, abogado de una de las querellas que impulsaron el juicio por los crímenes cometidos en el centro clandestino de la Escuela Superior de Mecánica de la Armada, la ESMA.

Existen, aún hoy en día, miembros de la Compañía de Jesús que recuerdan con cierto resquemor su paso por esa orden religiosa en aquellos tiempos de terrorismo de estado y extrema derecha, los tiempos en los que, como provincial, ejerció su autoridad con dureza. De hecho, obligó a los curas villeros (trabajaban en villas, barrios pobres) a abandonar los barrios y arremetió contra las comunidades de sacerdotes de corte evangélico o de izquierda.

Entre los jesuitas tampoco se le perdona haber entregado la Universidad del Salvador (Buenos Aires capital federal) a los laicos. Era una universidad que estaba ideologizada, que había tomado una posición tercermundista, o de izquierda.

Los últimos años vienen marcados por su revolucionaria elección como arzobispo, en 1998 (hasta entonces era necesario que el arzobispo de Buenos Aires hubiera pasado por el cargo en alguna otra ciudad del país; no se respetó el escalafón) y su fría y distante relación con los presidentes Néstor Kirchner y Cristina Fernández. Nunca recibió a Kirchner en su residencia, por ejemplo.

Para terminar, señalar que hay una leyenda que señala que fue Bergoglio quien en 2007 pidió a Eduardo Duhalde volver a la política para hacer frente al éxito electoral de quien fue su delfín, Néstor Kirchner.

El periodista Hernán López Echagüe recoge el momento en el libro que dedicó a Eduardo Duhalde, ‘El regreso del otro’ (Planeta, 2010): «Es, se ha dicho, una leyenda, pero de modo alguno una invención. Es una historia de trazos maravillosos que sin embargo no ofrece carácter alguno de falsedad, historia que a lo largo de semanas sobrevoló las redacciones de diarios y revistas y llegó a los corrillos políticos con aire de profecía fundada en alguna razón natural y digna de atención. 
Lo que nos interesa es que el doctor, entonces, porque sí, regresa al rodeo de la política, del que una vez había huido y dicho que estaba plagado de dirigentes de mierda. Entre los que me incluyo, dijo. Regresa porque Bergoglio se lo ha pedido, o, mejor dicho, se lo ha encomendado. Mil veces había implorado la ayuda de dios y ahora dios le había dirigido la palabra por medio de la voz posesa de un cardenal, no del chicharreo de un curita de barrio, tampoco del chisme de un santurrón de pueblo; dios le había señalado el camino a través de la voz dios de un cardenal, de su cardenal y amigo y confesor que supo de los secuestros y de las torturas y de las desapariciones en la ESMA».