Nelly (Nina Hoss) fue una cantante que, tras una traición, fue enviada a un campo de concentración durante la Segunda Guerra Mundial. Logró sobrevivir después de haberla dado por muerta tras recibir un disparo en la cara. Su aspecto quedó totalmente desfigurado y, durante su reconstrucción, solicitó tener el aspecto más parecido al original. 

Christian Petzold ha explicado en rueda de prensa que ‘Phoenix’, además de la reconstrucción de la vida de Nelly, también supone la reconstrucción de aquella Alemania. «La reconstrucción del yo fue un reto moral. Fue complicado encontrar un equilibrio cuando estábamos rodando una película. Es como si en Alemania hubiera pasado una tormenta terrible y hubiera que reconstruir todo eso. La reconstrucción del yo tiene un paralelismo con la reconstrucción del país», ha dicho. 

Tras los años de cautiverio y una vez recuperada de la intervención quirúrgica, Nelly encuentra a su marido, pianista de profesión, trabajando como camarero en un club que da nombre al título de la película. La protagonista intentará a partir de ahí regresar a los años de su matrimonio y ver hasta qué punto la situación sigue igual. Sin embargo, no esperará encontrarse con una situación así.

«Nelly debe enfrentarse a la idea que ella siente y lo que ha reencontrado; debe averiguar si la relación entre ambos está destrozada o no, si vive o no», ha señalado Petzold.