Etxeita, de 30 años, llegó a Lezama en 2005 procedente del Amorebieta para incorporarse al Bilbao Athletic y debutó con el primer equipo a las órdenes de Joaquín Caparrós el 12 de noviembre de 2008 en un partido de liga frente al Recreativo de Huelva.

En la temporada 2009-2010 fue cedido al Cartagena y el siguiente curso, tras rescindir su contrato con el Athletic, fichó por tres temporadas con el Elche, también de Segunda División.

Tras lograr el ascenso a Primera con el conjunto ilicitano, en la campaña 2012-2013 regresó al Athletic. Como rojiblanco ha disputado un total de 140 partidos oficiales (89 de Liga, 19 de Copa, 2 de Liga de Campeones, 28 de Europa League y 2 de Supercopa), en los que ha marcado 8 goles.

El central jugó un partido con la selección española absoluta el 12 de octubre de 2015 en Kiev frente a Ucrania en el último partido de clasificación para la Eurocopa 2016.

Etxeita amplió el pasado enero su contrato con el Athletic hasta el 30 de junio de 2019, con posibilidad de prolongarlo una temporada más, con una cláusula de rescisión de 40 millones de euros. Sin embargo, tras la llegada de Berizzo ha sido cedido al Huesca.