El pleito era entre Juan de Arregui, abad en Aezkoa y euskaldun, y Miguel Jiménez, vicario en Mendavia, que aseguraba saber euskara, pero que se negó a ser examinado para comprobar si era así, según recoge el historiador Juan José Martinena en uno de sus libros.

Ambos fueron presentando testigos que defendían o rechazaban que el euskara fuera imprescindible para ser párroco de San Cernin. En unos casos, se aseguraba que los feligreses entendían y se defendían en castellano, mientras que otros consideraban básico el conocimiento de euskara por parte del cura para que los parroquianos pudieran entender los sermones y, sobre todo y muy importante, pudieran confesarse.

Unos decían que todo dependía del estrato social, que los caballeros y mercaderes utilizaban el castellano, mientras que los labradores, que los había muchos en la parroquia, se confesaban todos en euskara. Algunos radicaban a los euskaldunes del burgo principalmente en la calle Pellejerías, actual Jarauta.

Entre los testigos, figuró Miguel de Itúrbide, regidor del cabo de San Cernin en 1643 y diputado del Reino en 1644, quien declaró que «en toda la cuenca de Pamplona y en la misma ciudad, la gente ordinaria no habla otra lengua», en referencia el euskara. Poco después de su declaración, Itúrbide fue detenido acusado de conspiración para independizar Nafarroa de la Corona española y murió en 1648 al parecer ajusticiado en secreto.

Finalmente, en 1646, se adjudicó la vicaría a Miguel Jiménez, pero dos años más tarde el que regía la parroquia era el euskaldun Juan de Arregui, aunque sin tomar posesión del puesto oficialmente, ya que Jiménez fue confirmado en el mismo por la Curia.

En 1661 falleció Arregui, vicario de facto de San Cernin durante ese período, y el puesto volvió a quedar vacante. Cuando se publicó el edicto para citar a examen a los aspirantes, en el mismo se recogía que el opositor debía entender y hablar euskara, «por ser tan importante en la dicha parroquia».