Del llamado Pacto de Ajuria Enea prácticamente solo se recuerda que fue un pacto anti-ETA, pero incluía también referencias a la culminación del Estatuto (todavía hoy no conseguida), la legitimación del pueblo a «reivindicar cualquier derecho que, de acuerdo con las Disposiciones Adicional Primera de la Constitución y Única del Estatuto, le hubiera podido corresponder», el respaldo a un «final dialogado de la violencia» «si se producen las condiciones adecuadas», y hasta una afirmación tan contundente como que «la defensa de nuestro sistema democrático contra la violencia no requiere en la actualidad de una ley de carácter especial, por lo que apoyamos la derogación de la legislación especial contra el terrorismo y los principios de independencia, intervención e inmediación judicial».

A la firma, prevista inicialmente para las 12.30 del mediodía, pero que no llegó hasta las 6 de la tarde, acudieron Alfredo Marco Tabar (CDS), Inaxio Oliveri (EA), José María Benegas (PSE), José Antonio Ardanza (lehendakari), Kepa Aulestia (EE), Xabier Arzalluz (PNV) y Julen Guimón (PP). A Herri Batasuna por un lado se le invitaba formalmente a los encuentros, mientras al mismo tiempo el contenido del Pacto iba claramente en contra del conjunto de la izquierda abertzale.

La unidad del Pacto (del que desapareció el CDS y entró Unidad Alavesa) fue siempre más utilitaria que de fondo. En la década que duró sufrió varias crisis. Por ejemplo, en 1991 con las negociaciones entre PNV y HB sobre la autovía de Leitzaran. El 21 de noviembre de ese año la Mesa de Ajuria Enea hizo público un comunicado en el que reconocía «la existencia de un contencioso entre el pueblo vasco y el Estado español», aclarando que ello no justificaba el empleo de la violencia por parte de ETA. Pero la Mesa siempre actúo como si tal contencioso no existiera.

Otro momento de fricciones se produjo en 1996, cuando en agosto José Antonio Ardanza convocó al Pacto de Ajuria Enea para denunciar la excarcelación del general de la Guardia Civil Enrique Rodríguez Galindo tras el secuestro y muerte de Joxi Zabala y Joxean Lasa. En el documento que el PSE llevó a la reunión, en el punto 4 d) podía leerse: «Recordar que la trama de los GAL dejó de actuar hace casi 10 años y no constituye hoy un peligro o amenaza para la sociedad».

Cada vez era más evidente que el Pacto no estaba contra todas las violencias, como pretendió en su momento. Sino que para el PSOE era una forma de tener atado el apoyo del nacionalismo institucional vasco, como por ejemplo se pudo ver en las conversaciones de Argel entre ETA y el Gobierno de Felipe González de 1989; y para el PP de Mayor Oreja era una forma de ir legitimando al nacionalismo español más recalcitrante.

Durante su existencia, el Pacto de Ajuria Enea realizó varias campañas de apartheid contra la izquierda abertzale. La más feroz se produjo en sus estertores, después de que ETA secuestrara y matara al concejal del PP de Ermua Miguel Ángel Blanco. Fue el último momento de unidad formal de los partidos integrantes de la Mesa, que en el terreno institucional lideró una iniciativa para desalojar a Herri Batasuna de las alcaldías que había logrado en las urnas.

La primera moción de censura fue muy simbólica, por el día en el que se presentó, el 18 de julio, y por la localidad elegida, Arrasate. PNV, PSE y EA apostaron por desalojar a Xabier Zubizarreta y colocar en su lugar a José María Loiti. Al mismo tiempo, se producían en las calles ataques a sedes independentistas, con presencia de elementos ultraderechistas, sin que ello pareciera preocupar a los firmantes.

Pero precisamente ese momento histórico fue en buena medida el final del Pacto de Ajuria Enea que Ramón Jáuregui fechó en marzo de 1998. Se produjo un envalentonamiento del Gobierno del Partido Popular y de un José María Aznar que había sido investido presidente con los votos del PNV, y por esto rompieron abruptamente. Había nacido el «Espíritu de Ermua», que supuso el cambio del eje de confrontación «demócratas contra violentos» por el de «nacionalistas españoles contra nacionalistas vascos». El Pacto de Ajuria Enea se fue al garete.

Al mismo tiempo, el «enemigo oficial» dejó de ser ETA, para serlo el conjunto del nacionalismo vasco; los movimientos sociales de corte pacifista, como Gesto por la Paz, fueron sustituidos en subvenciones y promoción mediática por otros como Foro Ermua y Basta Ya, que convocaban manifestaciones contra el «nacionalismo obligatorio».

El PP saboteó los intentos de José Antonio Ardanza para resucitar la Mesa. Aznar y los suyos culparon al nacionalismo vasco de haber traicionado la unidad lograda porque vieron peligrar su liderazgo. Desde el PNV y desde EA, por contra, sostienen que fue el PP quien, viendo crecer su apoyo electoral, decidió que las cosas debían hacerse como ellos dictaban o las harían solos. Y, al final, supuso también que el PP acabara rompiendo lazos con el PSOE.

En su libro de memorias 'Pasión por Euskadi', José Antonio Ardanza dejó escrito que «con el asesinato de Blanco, ETA había logrado dar en la diana y dejar en evidencia la quiebra que existía entre los partidos políticos, y no sólo la que se daba entre los partidos nacionalistas y los de obediencia estatal».

Fue una década marcada por la polarización política llevada incluso a las calles de Euskal Herria, perfectamente inútil en su principal misión de acabar con ETA y también para avanzar en el autogobierno en contraprestación a sus servicios como en algún momento pudo pretender el PNV. Y a los jeltzales tampoco les sirvió para acabar con un competidor electoral como es la izquierda abertzale.