El entrenador gasteiztarra ha calado profundamente en el conjunto heleno, bajo su dirección Olympiacos ha ganado tres Ligas y dos Copas, además de disputar la Champions League. Valverde ha dirigido en dos etapas al equipo de El Pireo, la temporada 2008-2009 y de 2010 a 2012, dejando una enorme huella entre sus aficionados. Tanto, que el canal oficial del club en Youtube le ha dedicado un emotivo vídeo que señala "Ernesto Valverde, we will never forget you". Es decir, le dicen que jamás le olvidarán.
En su aventura le han acompañado otros vascos como su ayudante Jon Aspiazu, el centrocampista Pablo Orbaiz y Fran Yeste, aunque el basauritarra dejó el equipo a mitad de temporada. A la conclusión del curso recién finalizado, Valverde decidió poner fin a su etapa en Grecia. Un tiempo marcado por los éxitos deportivos y también por la más que complicada situación económica que atraviesa el país y población helena.
Ahora, todo apunta a que Valverde comenzará la temporada sin equipo tras haber sido tentado por el Spartak de Moscú y estar a la expectativa de la decisión de Bielsa en el Athletic.