En unas declaraciones a la prensa, ha señalado que «no me opongo, nunca me he opuesto, ni me opondré» a las citadas exhumaciones, aunque la institución que dirige ha presentado alegaciones a ese procedimiento. Pérez considera «de justicia» que las familias «decidan y digan lo que ellas crean conveniente».

El arzobispo considera que para que se puedan llevar a cabo las exhumaciones deben existir dos permisos, «uno civil, en este caso del Ayuntamiento, y un permiso eclesiástico», que debería conceder la Iglesia, «que tiene esa cripta que está consagrada».

Pérez incluso ha asegurado que la Iglesia ha trabajado desde los años 80 por «todos los que están en las cunetas y todas las personas que están sin duda en una situación indigna» para llevarles a un cementerio.

El arzobispo ha insistido en la idea de que la cripta de Los Caídos «no es un cementerio» y «hay una normativa legal y jurídica». Al respecto, ha señalado que «la catedral no es un cementerio y están los reyes, Leire no es un cemenerio y están los reyes, y así en muchas iglesias».