Miembro de una dinastía de empresarios, la carrera profesional de Emilio Ybarra y Churruca estuvo ligada a la gestión de los negocios familiares tanto en banca como en grandes compañías y medios de comunicación. Fue, sin duda, en el sector financiero donde destacó y también donde recibió los más duros reveses en su prestigio.

Su carrera ascendente comenzó en 1964 en el Banco Bilbao, entidad que fundaron un siglo antes sus ancestros. En 1986 ya era vicepresidente, participando en las negociaciones de la OPA hostil sobre Banesto, frustrada por Mario Conde, entonces subdirector.

Tras el acuerdo suscrito en 1988 para unirse con el Vizcaya, la muerte de Pedro Toledo en diciembre de 1989 provocó una importante crisis por la sucesión. El entonces presidente del Banco de España, Mariano Rubio, le eligió para dirigir la entidad fusionada en medio de la bronca entre los consejeros del Bilbao y el Vizcaya por el control. A partir de ahí llegó la expansión del BBV en Latinoamérica adquiriendo entidades locales, entrando en el accionariado de Repsol, Telefónica e Iberdrola o patrocinando la Expo de Sevilla.

El momento estelar del ayer fallecido en Madrid a causa de un derrame cerebral llegó años más tarde al fusionarse el banco vasco con Argentaria, donde compartió presidencia con Francisco González desde octubre de 1999 hasta diciembre de 2001. Pocos meses después abandonó el BBVA tras un expediente del Banco de España por unas cuentas secretas en el paraíso fiscal de Jersey, donde algunos consejeros de BBV vinculados a Ybarra radicaron sus fondos de pensiones como compensación por la pérdida de retribuciones tras la fusión con el banco público. Fue absuelto en la causa judicial que instruyó Baltasar Garzón, como luego en otras en las que presuntamente estuvo implicado, pero su imagen se vio resentida y el poder de los banqueros de Neguri también.

La guerra entre Emilio Ybarra y Francisco González dejó mal parado al de Neguri, que abandonó el BBVA. Tampoco las relaciones con su hermano Santiago por el control de Vocento fueron idílicas en los últimos tiempos, con batallas judiciales que fracturaron a la familia Ybarra-Churruca.

También tuvo un papel protagonista, a su pesar, en el conocido como «caso Filesa», que estalló en 1991 y estaba relacionado con la financiación ilegal del PSOE, aunque logró eludir cualquier condena.