La Fundación Irujo Etxea instituyó en 2001 el premio Manuel Irujo, que desde entonces ha entregado anualmente de forma ininterrumpida.

El primero en recibirlo fue el historiador José María Jimeno Jurío, seguido del sacerdote y etnógrafo Jose María Satrustegi, el científico Pedro Miguel Etxenike, el catedrático de Derecho Goyo Monreal, Jean Haritschelhar, presidente de Euskaltzaindia, la editora Idoia Estornés y el escritor Pablo Antoñana.

Luego llegó el turno de dos guipuzcoanos: el cantante Benito Lertxundi (2008) y Juan José Agirre, el fraile archivero de Lazkao (2009). En la edición de 2010, el premio, in memoriam, fue para Petra Azpiroz, la andereño que puso en marcha hace 79 años la primera ikastola de Lizarra. El año pasado el galardón fue a parar a las manos del harrijasotzaile Iñaki Perurena, y en la actual edición lo ha recibido Jose Ulibarrena.