Además de la poda periódica, cada año se retiran y reponen alrededor de 300 árboles jóvenes que se secan, mientras que los árboles mayores y de más envergadura se ven afectados por rayos, accidentes de tráfico, vandalismo u otras causas. También ha habido tormentas en las que se han superado los 40 ejemplares rotos.

Las principales especies plantadas en Iruñea son plataneros, arces, fresnos, almeces, cerezos y tilos.